Parmi les reptiles, on distingue les tortues, les lézards et les serpents. Au sein des deux premiers groupes, certaines espèces affectionnent plus ou moins les milieux aquatiques.
Chez les serpents, la couleuvre à collier et la couleuvre vipérine sont de bonnes nageuses et consomment des petits poissons et des batraciens.
Chez les tortues, la cistude d’Europe, espèce en danger, se rencontre encore dans quelques annexes hydrauliques de la rivière Allier et certains étangs. Malheureusement, en plus de la disparition de son habitat du fait des enrochements qui empêche la dynamique fluviale, elle est concurrencée par la tortue de Floride. En effet, cette espèce importée du continent nord Américain pour l'aquariophylie est parfois relâchée dans le milieu naturel.
